Potential risk score of uploaded strain

ARGs VFs PGs PRS
0022.00

PRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
No hit found

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
No hit found

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
No hit found

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
PCENKMAC_236821068914WalR1.69e-114transcriptional regulatory protein84.25100.00EPH95667
PCENKMAC_50198194198000CspR9.06e-30cold shock protein84.6198.48AAO82613
PCENKMAC_50198194197997CspA1.39e-29cold shock protein84.85100.00CAA62903

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
PCENKMAC_332634192rep28930 / 93097.10CP003162
PCENKMAC_525003401rep38903 / 90396.23CP005943

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
PCENKMAC_11.00.01.0
PCENKMAC_21.00.01.0
PCENKMAC_31.00.01.0
PCENKMAC_40.01.00.0
PCENKMAC_51.00.01.0
PCENKMAC_70.01.00.0
PCENKMAC_80.01.00.0
PCENKMAC_90.01.00.0
PCENKMAC_101.00.01.0
PCENKMAC_121.00.01.0
PCENKMAC_130.01.00.0
PCENKMAC_141.00.01.0
PCENKMAC_151.00.01.0
PCENKMAC_161.00.01.0
PCENKMAC_171.00.01.0
PCENKMAC_181.00.01.0
PCENKMAC_190.01.00.0
PCENKMAC_200.01.00.0
PCENKMAC_210.01.00.0
PCENKMAC_220.01.00.0
PCENKMAC_230.01.00.0
PCENKMAC_261.00.01.0
PCENKMAC_271.00.01.0
PCENKMAC_281.00.01.0
PCENKMAC_300.01.00.0
PCENKMAC_311.00.01.0
PCENKMAC_330.01.00.0
PCENKMAC_350.01.00.0
PCENKMAC_360.01.00.0
PCENKMAC_370.01.00.0
PCENKMAC_380.01.00.0
PCENKMAC_390.01.00.0
PCENKMAC_400.01.00.0
PCENKMAC_411.00.01.0
PCENKMAC_420.01.00.0
PCENKMAC_430.01.00.0
PCENKMAC_441.00.01.0
PCENKMAC_451.00.01.0
PCENKMAC_461.00.01.0
PCENKMAC_480.01.00.0
PCENKMAC_491.00.01.0
PCENKMAC_500.01.00.0
PCENKMAC_510.01.00.0
PCENKMAC_521.00.01.0
PCENKMAC_531.00.01.0
PCENKMAC_550.01.00.0
PCENKMAC_570.01.00.0
PCENKMAC_581.00.01.0
PCENKMAC_591.00.01.0
PCENKMAC_601.00.01.0
PCENKMAC_611.00.01.0
PCENKMAC_621.00.01.0

PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
PCENKMAC_13758536750FalseSiphoviridaeVOG0514, VOG4566, VOG0189, VOG6005, VOG0044, VOG3643, VOG0198, VOG4841, VOG4581, VOG1886, VOG6939, VOG4556, VOG4568, VOG4553, VOG0204, VOG0205, VOG0207, VOG4586, VOG0209, VOG5904, VOG0801, VOG3462, VOG3463, VOG8438, VOG0870, VOG0804, VOG4705, VOG5008
PCENKMAC_213167940510FalseSiphoviridaeVOG0321, VOG4548, VOG0322, VOG6545, VOG4632, VOG4609, VOG0327, VOG0044, VOG0044, VOG3643
PCENKMAC_214139961728FalseSiphoviridaeVOG4844, VOG4556, VOG4573, VOG4553, VOG0562, VOG4589, VOG0539, VOG0704, VOG4586, VOG0541, VOG6163, VOG0801, VOG4619, VOG3498, VOG9997, VOG8917
PCENKMAC_3792287127455FalseSiphoviridaeVOG4602, VOG6495, VOG6495, VOG0181, VOG7298, VOG1309, VOG0186, VOG4566, VOG4552, VOG4693, VOG0586, VOG0198, VOG3015, VOG0045, VOG0611, VOG0691, VOG0692, VOG9317, VOG4711, VOG0695, VOG0696, VOG0697, VOG6548, VOG9763, VOG0701, VOG0801, VOG4619, VOG8438, VOG0870, VOG0804, VOG4705, VOG8294

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)

Insertion sequence (IS) elements